En el sector costero de Paposo existen numerosas especies de avifauna y algunos reptiles asociados a la zona intermareal. Hacia el interior, en las cimas, quebradas y laderas del cordón montañoso, es posible encontrar especies de mamíferos, roedores y reptiles, que se encuentran condicionados a la existencia de los sistemas vegetacionales. Entre estas especies, se registran Guanacos (Lama guanicoe), Zorro culpeo (Pseudaloex culpaeus), Zorro chilla (Pseudalopex griseus), roedores como el Lauchón orejudo (Pyllotis darwin), y reptiles como la Lagartija del género Liolaemus y anfibios como el Sapo de Rulo, (Bufo atacamensis).
Entre las aves encontramos al Pingüino de Humbolt (Spheniscus humboldi); Piquero (Sula variegata); Pelícano (Pelecanus thagus); Yeco (Phalacrocórax oivaceus); Jote de Cabeza Colorada (Cathartes aura); Pilpilen (haematopus palliatus); Zarapito (Numenius phacopus), etc.
En esta área existen además amplias zonas de guaneras y loberas donde se concentran numerosas especies de hábitos gregarios (es decir, se agrupan para conseguir un objetivo en común), pelícanos, cormoranes, piqueros y lobos marinos. En el caso de las loberas, quienes han colonizado ese hábitat, mantienen en él sus sitios de reproducción, crianza, actividad y descanso.
Protagonistas de la identidad del paisaje de Paposo, que atrae a científicos de los principales jardines botánicos del planeta, ya que en nuestro territorio, crecen varías especies vegetales endémicas que se encuentran protegidas por encontrarse en peligro de extinción.
Las cactáceas impresionan por sus formas de verdaderas esculturas: columnares (quiscos), esférica (santulones y neoporteiras) o segmentadas (gatitos y guillave). Sus frutos han servido de alimento para las primeras comunidades de la costa y sirven de refugio para roedores y reptiles. Hay que destacar sus espléndidas flores, en cuyo interior muchos insectos pasan la noche bien alimentados y abrigados bajo sus pálidos pétalos y profusos estambres.
Muchas especies viven en roqueríos y escarpados riscos de difícil acceso. Son erráticas para florecer y fructificar y sus espinas constituyen una barrera defensiva que genera respeto a hombres y animales. De las cerca de 160 variedades registradas en Chile, alrededor de 145 se hallan en forma natural exclusivamente en nuestro país, es decir, endémicas. Esta enorme variedad, a veces dentro de una misma especie, corresponde a respuestas adaptativas a los grandes contrastes ecológicos del país y a microhábitats específicos que encontramos en las quebradas de Taltal y Paposo.
Las lluvias de primavera hacen brotar de un golpe un esplendor de flores en el suelo estéril. Donde habitualmente sólo se mantienen las porfiadas Senecios, Cristarias y Heliotropium, aparecen Alstromeria, Rodophiala y Balbisia que despegan rápidamente sus Pétalos a la luz. Frakenias y Centáureas asoman en las fisuras de las rocas, entre las piedras lucen las estrellas amarillas de la Malesherbia humilis. Los elegantes Plumbagos coerulea, Shizanthu lacteus, Cleóme chilensis y Leucoryne spp le disputan el espacio al Solanum remyanum. Posteriormente florecen especies de semillas como la Pata de Guanaco (Oalandrinia grandiflora) de flores de color rojo oscuro, suspiro lilas y celestes (Nolana paradoxa) y el intenso amarillo del Ohurco (Oxali gigantea) esta espectacular alfombra natural de florecidas se presentan de manera casi inagotable en su variedad de vellosidades y colorido, cubriendo amplios sectores de cerros y quebradas.
Sus particulares y excepcionales condiciones climatológicas han generado en este sector un frágil ecosistema capaz de sustentar gran variedad de xerófitos (cactáceas) Eulychnia, Copiapoas, Neoporteria y Opuntias, considerados muchos de estos de gran particularidad y endemismo. La alta humedad de la costa producida por la camanchaca y el afloramiento y escurrimiento de agua de diversas aguadas y vertientes (Unas 7 en la zona de Paposo, según mapa de “Ubicaciones de los manantiales o aguadas situadas en el litoral al Norte del Puerto de Taltal” de A. Capdeville, en el año 1923), han logrado mantener la diversidad y densidad de vegetales incluyendo especies típicas de zona de alta humedad, como son los líquenes. Aprovechando la altura de las Eulychnia iquiquensis en el afán de captar mayor humedad es posible visualizar entrelazados en sus espinudos brazos, vegetales epífitos, tal es el caso del Clavel del aire (Tillandsia geissei).
El pasaje vegetal en el sector costero de Paposo, se encuentra dominado por especies de cactáceas muchas de ellas endémicas. La vegetación crece abundantemente en dos agrupaciones principales, en laderas, bajo la influencia de las neblinas y en aguadas o quebradas. La vegetación predominante se localiza en laderas altas, medías y bajas del cordón montañoso, “donde se han encontrado más de 170 especies de plantas superiores. ¡En pleno desierto de Atacama!” (Hoffmann, 2004: 50) con menor frecuencia en roqueríos de la costa.
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